Ein Schmuckstück nicht nur des Archivs sondern auch des ganzen Schottenstifts ist das Handschriftenarchiv, jener Raum, in dem unter anderem die Handschriftensammlung aufgestellt ist. Besondere Bewunderung ruft immer wieder die Ästhetik der Bücherwände hervor. Unsere Handschriften und Inkunabeln verfügen weitestgehend noch über ihre mittelalterlichen Einbände und sind unverpackt aufgestellt. Dies bringt aber auch Probleme mit sich, denn die meisten Einbände der aus Platzgründen dicht gedrängten Bücher sind mit Metallbeschlägen versehen, weshalb es beim Ausheben in der Vergangenheit immer wieder zu kleineren Beschädigungen an benachbarten Büchern und dem Holz der Regalböden kam.
Als sowohl die konservatorischen wie auch die ästhetischen Bedürfnisse bedienende Maßnahme wurde nun die Aufstellung der Bücher in Buchschuhen vorgenommen. Im Gegensatz zu Schubern (oder gar Schachteln), die eine markante optische Veränderung mit sich gebracht hätten, sind Buchschuhe nicht nur vorne sondern auch oben offen und zudem aus einem dünneren säurefreien Archivkarton gefertigt. Dadurch können die Einbanddeckel der Bücher nicht mehr aneinander reiben, bei geschickter Bemessung sind die Buchschuhe zugleich aber kaum sichtbar.
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