Der Begriff Selbstorganisation stammt aus den Naturwissenschaften, geprägt 1959 vom Physiker und Kybernetiker Heinz von Foerster, der einer spontanen Entstehung und Ausdifferenzierung von Ordnung innerhalb von Systemen auf den Grund ging. Eine Theorie der sich selbst organisierenden Systeme im sozialwissenschaftlichen Sinne gibt es nicht. Dennoch hat sich der Begriff inzwischen in Soziologie, Sozialpsychologie, Pädagogik oder beispielsweise der Organisationsentwicklung etabliert (Bolbrügge 1997:11).
Auch wenn der Begriff Selbstorganisation aufgrund der verschiedenen wissenschaftlichen Konzepte unscharf bleibt, bietet er für den Vergleich von PCK und ČSČK im Sozialismus einige Vorteile.
Selbstorganisation ist zunächst eine Kategorie, die eine dichotome Unterscheidung von Selbst- und Fremdorganisation suggeriert. Darüber hinaus erklärt der Begriff aber auch Phänomene spontaner Ordnung. In der Biochemie zeigt beispielsweise die sogenannte Belousov-Zhabotinsky-Reaktion, das „spontane Entstehen von Strukturen“ und das „spontane Entstehen von unterscheidbaren Zuständen“.
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